•客体分子的几何形状。客体分子由于自身所有的立体效应，如空间取代位置不同的构型异构体等，会极大的影响包合过程中各种非极性键等一些弱相互作用的发挥，导致包合物稳定性的的变化。
•客体分子的电荷和极性。环糊精包合物的稳定性受客体分子的疏水性的影响，当然这里也包含相应的溶剂响应的影响。一般情况下，环糊精和弱极性的客体分子有较好的包合，而强亲水性离子化客体分子的包合能力很弱。另外，衍生的带电荷的离子型环糊精对异电荷的客体更容易形成包合物。
•介质环糊精包合物的形成及溶剂环境。这种包合过程常需要水或强亲水溶剂的存在，如甲醇，2-甲氧基乙醇等[11]。但大部分有机溶剂因为可以和环糊精包合，而无法使用。
•分子间氢键的作用。在包合过程中，客体分子和环糊精及其衍生物形成的氢键可以提高包合物的稳定性,并能够影响包合物的最终结构取向。 环糊精包合农药的分子模拟(3):http://www.751com.cn/huaxue/lunwen_20976.html