然而我国海关知识产权保护所取得的成效并不代表这其中没有矛盾冲突，通过社会舆论和各方利益反馈来看，主要的矛盾冲突体现在如下几方面：
㈠ 国家利益跟进出口人之间的利益冲突   
TRIPS 协议中要求各国成员在国际贸易中承认知识产权的私权属性，但对于我国来说，知识产权海关自始至终都受到行政的保护，也即出现公共利益在我国具有优先性的现象。于是，在国家利益跟权利人利益冲突上，首先保护的是国家利益，它凌驾于知识产权利益所有人的权益之上。然而，在我国追求国家利益最大化的同时发达国家却对于本国的知识产权竭尽全力的保护，他们保护的是国内企业利益，而我们国家的保护现状却更多的维护了外国企业利益，造成损害国内进出口加工企业利益的事情常常发生，出口受阻，出口商品被强行处理。由此可见，我国的国家利益跟知识产权海关保护的利益是不相符的。这就使得我国在海关贸易中国内企业经济利益受损，资源浪费，而国内企业利益的受损又导致国家利益受损，如此恶性循环势必阻碍我国经济发展。
㈡ 权利人跟进出口人之间的利益冲突
TRIPS在知识产权海关保护的行政执法中规定了“依申请”和“依职权”两种启动模式，而我国采用了依申请保护和依职权保护相结合的原则。但在我国海关执法实施过程中，却出现了权利人过度依赖依职权保护原则的弊端。根据统计，在所有进出口侵权案件中，90%都是由海关主动查处的。因为在目前来说，我国依申请保护情况下，当知识产权权利人提出申请时，海关为避免权利人滥用权力对进出口人造成不必要损失，会要求权利人提交足够证明侵权事实明显存在的证据以及与货物等值的担保。然而我国企业的品牌价值在国际社会竞争中处于劣势，权利人调查手段欠缺，能够提供的有力证据缺乏，于是为了避免举证风险以及高昂的保证金，多数还是依靠海关主动的方式进行保护。这种做法与国外依申请作为主流执法模式的情况相去甚远。这种差距导致我国在跟其他国家尤其是发达国家贸易中处于劣势，不仅作为权利人的利益没有很好得到保护，而且作为进出口人的利益受损，加之我国知识产权审查制度不成熟，海关执法也陷入被动，所以面临行政复议、行政诉讼的风险加大，激化海关跟权利人之间的矛盾。从我国进出口环节现状看，主张知识产权保护的主要还是外国企业，受损的主要是中国加工企业，海关知识产权权利人跟进出口人之间的利益处于不均衡状态。
㈢ 社会利益跟权利人之间的利益冲突
知识产权的海关保护，旨在制止侵权货物的进出，阻挡其流入国际市场破坏经济贸易秩序，并最终在国际社会上形成一种尊重、支持、保护创造性劳动成果的氛围。但是，过度保护知识产权甚至造成了对知识产权的垄断，对社会的发展是不利的。在社会利益和知识产权权利人利益之间，对知识产权无限制的保护，虽然可以使得权利人的利益免受伤害同时更容易激励权利人发明创造更多的知识产权，但是知识产权数量的增长却并不能确保社会利益的增长，因为并不是所有民众都有经济能力来承担高度保护的知识产权带来的高昂费用，它会隔绝大部分的民众，如此无法共享的产品，更不可能对社会利益带来推动作用。因此，对于权利进行适当的保护而不是过度保护是我们必须明确的衡量体。
二、    我国知识产权海关保护利益冲突的原因分析
如上文所述，目前，知识产权海关在保护中涉及了多方利益，包括国家利益、社会利益、知识产权权利人利益和进出口人利益，但各种利益之间却并不都是相互促进的。根据利益平衡理论，对利益平衡的价值取向应该趋向于各方利益的相对平衡，即在知识产权海关保护过程中平衡权利人和进出口人的利益，同时注重保护社会利益，达成多元利益统一，减少让各方利益在维权中的冲突，最终达到国家利益最大化的状态。 知识产权海关保护的利益平衡机制探析(2):http://www.751com.cn/faxue/lunwen_47183.html