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森林草莓组蛋白乙酰转移酶和去乙酰化酶基因的鉴定和分析(2)

时间:2019-08-04 15:02来源:毕业论文
1 材料与方法 1.1 数据来源 森林草莓(Fragaria vesca)和中国莲(Nelumbo nucifera)的数据来源于 NCBI,苹果(Malus domestica)、桃(Prunus persica)、黄瓜(Cucumis sa


1  材料与方法 
1.1  数据来源 森林草莓(Fragaria vesca)和中国莲(Nelumbo nucifera)的数据来源于 NCBI,苹果(Malus domestica)、桃(Prunus persica)、黄瓜(Cucumis sativus)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、葡萄(Vitis vinifera)和番茄(Solanum lycopersicum)数据来源于 Phytozome (version 10.3; http://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html)。
1.2  HAT、HDAC 基因的鉴定与保守序列分析 从 Pfam 网站分别下载 GNAT、CBP、MYST、TAFII250、RPD3/HDA1 和 SIR2 家族关键结构域序列(Acetyltransf_1 domain,PF00583;MOZ_SAS domain,PF01853;Acetyltransf_7 domain, PF13508; Hist_deacety domain, PF00850; SIR2 domain, PF02146),家族HDAC 基因,通过 MEME网站分析得到拟南芥中所有 HD2 基因蛋白的保守序列,并构建HMM文件,然后利用HMMER软件搜索所选物种中HD2基因。将所有候选HD2基因提交MEME网站进行 motif分析,保留与拟南芥 HD2蛋白motif相似的序列,得到所有的 HD2 基因。将得到的所有候选基因提交 Pfam[12]、CDD[13]网站,保留其中包含HAT、HDAC 基因关键结构域或保守序列的基因,并得到 HAT、HDAC 基因中包含的其他保守结构域,其中设置 e 值<=10-4。数据处理中,保留同一基因不同可变剪切中最长的氨基酸序列。
1.3  多序列比对和系统进化树构建 对GNAT、CBP、MYST、TAFII250、RPD3/HDA1 基因家族运用 MAFFT(V7.158b)软件对全蛋白序列进行比对,得到的比对文件运用 Raxml (Version 8.1.16)软件构建系统发生进化树。参数设置为:MAFFT比对设置为默认参数,Raxml 设置为γ 分布和1 000次Bootstrap 重复;SIR2 家族和HD2家族蛋白序列,运用 MEGA 5.0 进行序列比对,并用邻近法Neighbor-joining构建进化树,Bootstrap 设置为1 000。
1.4  基因染色体定位与基因复制类型分析 从森林草莓基因组注释信息提取 HDAC 基因相关染色体位置信息,运用 MapInspect软件构建基因染色体定位图;运用 McscanX 软件[14]对HDAC 基因进行复制类型分析,McscanX参数设置为默认参数。
1.5  森林草莓中 HAT 基因和HDAC 基因的表达分析 根 据 森 林 草 莓 中 HDAC 基 因 的 基 因 ID 从 SGR(http://bioinformatics.towson.edu/strawberry/Default.aspx)网站下载相应基因的表达数据。数据处理过程为:计算生物学重复平均值,并取值 log2,运用 Mev9(Version 4.9.0)软件将数据可视化。
1.6  材料处理 将所有生长于 MS 培养基上的30 d大小的二倍体森林草莓苗(‘Rugen F7-4’)避光开盖24 h 后,分别进行冷胁迫处理和热胁迫处理。其中,低温胁迫处理:在避光、4℃低温条件下分别处理 0、1和8 h。高温胁迫处理方法:在避光、38℃高温条件下分别处理0、1和 3 h,并在热处理3h结束后分别进行 1 h(共4 h)恢复和 5 h(共8 h)恢复处理。 森林草莓组蛋白乙酰转移酶和去乙酰化酶基因的鉴定和分析(2):http://www.751com.cn/shengwu/lunwen_36913.html
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