电子商务形式下的会计记账轨迹，一般是输入凭证和原始票据，其他传统会计的流程都是电脑自动完成。而且，会计数据都是以电子信号的形式保留在磁盘或光盘里。众所周知，电子信号都是由一些相同的符号表示。也就是说，数据被修改了，很难知道数据曾经被改过。但要知道也只有在电子专业人才研究一翻才会有所怀疑，可是会计人员在学习本专业知识同时专修电子专业知识，是很难做到；或给企业增加更多的电子专业人才，都是非常耗费成本。
　　可见，电子数据被非法修改可做到不留有窜改痕迹的问题，会使得企业在实施电子商务时，对电子数据的可靠性存在疑虑，这不利于企业利用会计信息进行战略制定和决策。
　　２、电子会计数据的法律效力问题。
　　在法律能否接受计算机记录的电子会计数据（无纸化数据）作为有效的证据，已是一个国际性的问题。特别地，无纸化的电子会计数据能否作为审计和税务检查的有效证据，是会计面临的亟待解决的问题。我国目前所谓的电子商务会计实施,其实是通过电算化会计在财务软件上作账，然后再通过打印机打印出来装订成册。比如凭证吧，打印后，再在装订本子后面附上原始票据，就是他们运用电子具件的成果，而这种做法其实是跟传统会计没什么两样！也是存在纸质的会计数据，其法律效果只要一般的法律就可以约束了。但在电子商务实施的不断深入，那么这种做法也只是权宜之计，不尽快制定出合理的电子商务法律法规，电子会计数据的法律效力将得不到保障。不可避免的是，中介机构在使用电子会计数据时会有所顾忌，他们实施的工作就很难得到公众的认可。
（二）电子原始会计信息产生的问题
　　１、电子原始数据生成的确认,审定
　　电子原始数据的生成过程跟传统的过成差不多,都跟企业的内部控制有关。一般都要有业务经办人、批准人、签约人等人员的签字认可,给予责任的分配。但是,这里就不能说这两种形式的数据生成就完全一样,而是有异同。这不同的地方正是电子数据生成的问题。传统的纸上签字真伪可以通过其是否给人涂改过, 是否是这些签字人笔迹都可以认出来的,字迹可以用一句话来表述：世界上没有相同的两片叶子，字迹很难模仿。但是,电子数据就不一样,在计算机上的所有文字都是通过符号(1,0)来组成,同一个字不管谁输入都会以这两个符号通过固定的方式表达。不管谁修改都可做到不留有窜改的痕迹，因此，电子签字成了不小的问题。
　　２、交易业务数据的保存管理和电子数据传递过程的可靠性
　　（1）保存管理可靠性
　　在黑客、病毒横行的网络环境下，会计信息的安全性受到很大威胁，进而加大了企业会计信息控制的难度。电子数据的存储管理,一般是打印出来和存储在光盘、软盘和服务器的硬盘里。而后三者是现在电子商务的主要作法，但在网络世界里，软硬盘的相关破坏病毒比比皆是，一旦被病毒攻击，一般是软盘不能打开，里面的数据也就无法读取；硬盘呢，很容易被格式化，而全部的数据毁于一瞬之间。
　　（2）电子数据传递可靠性
　　企业交易数据一经确认就不再作修改，它是企业会计信息系统的最基本和最重要的数据。那么，这些数据一般要妥善保管，要是使用时，一般都是传递借阅。但传递可靠性，却问题不断。目前我国各个国有专业银行网络选用的通信平台不统一，不利于各银行间跨行业务的互联、互通和中央银行的金融监管以及宏观调控政策的实施，而每个企业一般有几个不同银行的账户，这样于电子资金数据传递要么因通信平台不统一网络传输时间长，要么因网络堵塞服务不能及时。另外，黑客的攻击也是一个非常重要的问题。如果是一般的黑客的话，他有可能是为了显示其才能，但如若是商业间谍，那商业机密就会暴露给竞争对手。 论电子商务环境下的财务管理+文献综述(9):http://www.751com.cn/kuaiji/lunwen_2013.html